含水量大的半流體糞肥發酵
在實際生產中，種植者往往根據地塊性狀建造發酵池，令發酵池過深，使得發酵的糞肥上部早已經發酵完全，而中下層的糞肥卻與購買的鮮糞差不多，這是因為半流體生鮮糞肥含水量大，透氣性差，同時發酵池過深底部溫度較低，根部達不到發酵所需的溫度，這樣發酵池下部的糞肥都不能發酵。
所以，建造的發酵池不能過深，一般發酵池的深度建議不超過50厘米，以便于熱量的傳輸。
如果在露天發酵，有機肥的溫度不能夠有效保持，會令堆內提溫較慢，發酵時間過長，造成糞肥中氮的損失，這樣有機肥的氮的損失量有可能達到60%以上。故可通過覆蓋薄膜的方法避免，如在發酵池上部覆膜，可迅速提高有機肥的溫度，預防氮肥轉變為氣體流失。
在將鮮豬糞、鮮雞糞等生鮮糞肥進行發酵時，可加入適量的土及雜草，也可以促進發酵，這是因為土壤中含量的微生物，能夠起到迅速加快發酵的做用。同時土壤及雜草還能夠將氮肥利用起來，避免氮肥的損失。
在發酵生鮮豬雞糞等有機肥時，如果有機肥濕度特別大，可在堆漚時每隔5-7天用鐵鍬翻動一次，可增加有機肥中的氧氣，促進微生物的繁殖，從而達到快速發酵的目的。在攪動有機肥上層的同時，還可以將發酵池下部的有機肥攪拌到上層，將上層糞肥攪拌到下層，加快發酵速度。
干糞肥發酵
購買到稻殼糞做有機肥時，稻殼糞中應加足量水分，令肥濕透，并按照底寬1.5-2米，上部寬1.2-1.5米，高度1-1.2米建堆，堆的長度不限，然后再堆的頂部使用直徑為6-8厘米的木棒打孔，并且要深到堆底，間隔20-25厘米一個通氣孔，在糞堆頂部打6-7行通氣孔。這主要是為了保證糞肥在發酵時有充足的氧氣供應，然后覆膜，進行提溫發酵。
在糞肥發酵時，要注意使用溫度計插到表層20厘米以下進行測溫，將堆溫保持在60℃以上，80℃以下，維持兩天的時間進行翻堆。翻堆時將外面的糞肥翻到糞堆里面，將里面的翻到外面，同時還要注意上層與下層的糞肥要交換位置。
再次建堆發酵時，注意補充水分。經過3-4次翻堆后，當糞肥無臭味時表明已經完全發酵腐熟。另外，發酵時要注意，堆溫不能超過80℃，以防高溫將糞肥中的有益菌殺死，嚴重時還會出現悶堆、燒堆的情況發生。
